Untuk mengetahui riwayat asal-usul Desa Padurenan maka harus dimulai dari Daerah Madura. Dalam sejarah telah dijelaskan bahwa Raden Trunojoyo (Adipati Madura) telah dibunuh oleh Amangkurat I (Raja Mataram). Oleh karena itu Raden Trunojoyo bermaksud untuk membalas dendam atas kematian orang tuanya. Raden Trunojoyo memiliki pembantu yang bernama Macan Wulung Yudonegoro yang asalnya adalah Bupati Bojonegoro. Pada tanggal 2 Juli 1677 M, Amangkurat I bias dikalahkan oleh Raden Trunojoyo. Akhirnya Amangkurat I pun gugur dan dimakamkan di Tegal Wangi/Tegal Arum (sebelah selatan Tegal, perbatasan dengan Banyumas).
Tak lama kemudian anak Amangkurat I pun naik tahta dan bergelar Angkurat II. Amangkurat II ingin membalas kepada Raden Trunojoyo atas kematian ayahnya. Dia pun rela bergabung dengan Belanda yang dipimpin oleh Cornelis Janszoon Speelman. Akhirnya Raden Trunojoyo bisa dikalahkan. Namun Amangkurat II belum puas bila belum membunuh Raden Trunojoyo dengan keris pusaka.
Raden Trunojoyo adalah orang yang alim, keras, berani melawan orang kafir (Belanda) dan mubaligh yang berani. Oleh karena itu perang Trunojoyo ini sering disebut dengan perang Sabilliah.
Setelah Raden Trunojoyo wafat, maka Amangkurat II membagi Madura menjadi 2 bagian, Madura Timur dan Madura Barat. Amangkurat II mengangkat Macan Wulung Yudonegoro (Pembantu Raden Trunojoyo) untuk menjadi bupati di Madura Barat (Bangkalan). Antara Congkroningrat III dan Macan Wulung Yudonegoro sebelumnya sudah pernah terjadi perselisihan dan pertikaian bahkan sampai kepada anaknya (Cokroningrat III).
Cokroningrat III memiliki saudara yang bernama Surya Diningrat. Surya Diningrat ini adalah kaki tangan Belanda. Suatu ketika Cokroningrat III terpukul mundur dan bersembunyi dikapal Belanda. Tak disangka di kapal tersebut dia bertemu dengan saudaranya (Surya DIningrat). Namun karena salah paham maka mereka berdua pun saling bertengkar dan berkelahi yang ujungnya Cokroningrat III dibunuh oleh Belanda (sekutu Surya DIningrat). Akhirnya Surya Diningrat pun mengangkat dirinya menjadi Cokroningrat IV. Pada tahun 1746 M, Madura Timur (Sumenep) yang dipimpin Adipati Macan Wulung Yudonegoro diserang oleh Cokroningrat IV yang dibantu oleh Belanda. Macan Wulung Yudonegoro bisa dikalahkan dan akhirnya Madura Timur dikuasai Cokroningrat IV.
